抗生素类药物曾是人类对抗诸多疾病的一个“秘密武器”,19世纪末20世纪初,

(1)C (2)A (3)B
解析：(1)A项，“全得益于抗生素的发现和广泛使用”夸大了抗生素的作用。人类寿命得以延长还有其他方面的因素。B项，“就会导致治疗失败”说法绝对。D项，“其危害超过了癌症”变未然为已然。原文说的是“到2050年……其危害将超过癌症”。
(2)“意在阐明抗生素耐药性产生的原因”错，欧盟官员的观点只是指出了抗生素耐药性带来的后果，并没有阐明原因。
(3)“目前进入临床阶段的抗生素药物对现有抗生素类型进行的修复”概念混淆。原文是“目前进入临床阶段的大多数药物对现有抗生素类型进行的修复”。